Hoewel de JBL Wind 3S veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook enkele beperkingen waar je rekening mee moet houden. Ten eerste valt het geluidsvolume iets tegen als je in een drukke of winderige omgeving bent, zoals tijdens het fietsen op een drukke weg. De speaker is hiervoor niet krachtig genoeg om het geluid volledig te laten doordringen, wat sommige gebruikers als een gemis kunnen ervaren.
Daarnaast mist de Wind 3S wat basdiepte in vergelijking met grotere Bluetooth-speakers. Ondanks de bassmodus is de basweergave relatief beperkt, wat te verklaren is door het kleine formaat en de beperkte ruimte voor drivers in de behuizing. Voor echte bassliefhebbers is dit mogelijk niet voldoende.
Ook is de afspeeltijd van 5 uur al met al genoeg, maar voor langere dagtochten of activiteiten kan het nodig zijn om tussentijds op te laden. Dit beperkt de zelfstandigheid iets, zeker als je geen powerbank bij de hand hebt.
Een ander punt is dat er geen ingebouwde microfoon aanwezig is, waardoor bellen via de speaker niet mogelijk is. Dit kan als nadeel worden ervaren wanneer je een multifunctionele speaker zoekt voor zowel muziek als handsfree bellen.
Tot slot is het bluetoothbereik standaard, maar niet uitzonderlijk ver, wat betekent dat je je gekoppelde apparaat binnen een redelijke afstand moet houden. Dit is natuurlijk ook een gevolg van het compacte formaat en is niet uniek voor dit model, maar het blijft een punt om te overwegen.